زمانی که متوکل عباسی، امام هادی (ع) را به سامرا آورد، خانواده آن حضرت نیز همراه وی بودند. در تمام این مدت، امام عسکری (ع) نیز در سامرا بود و هم چنان تا رحلت در همین شهر زندگی میکرد. آن حضرت در این مدت تحت نظر حکومتبوده و به ایشان توصیه شده بود که همچون افراد تبعید شده، حضور مداوم خود را به اطلاع حکومتبرساند. افزون بر آن، بر وی بود تا هر دوشنبه و پنجشنبه در دار الخلافه حاضر شود.
ارتباط شیعیان با امام، بیشتر در میانه راه و یا از طریق خادمان ایشان صورت میگرفت. به شیعیان، توصیه شده بود که به صورت آشکار با امام تماسی نداشته باشند. امام به دلیل موقعیتخانوادگی و علمی خود، مورد احترام و علاقه مردم بودند. با این حال، این مانع از آن نبود که حکومت مزاحم ایشان نشود. یک بار در سال 256 در زمان مهتدی و بار دیگر در زمان معتز(به احتمال در سال 258) امام عسکری (ع) زندانی شدند. خبر دیگر حاکی است که امام در سال 259 هجری نیز در زندان بوده است.